骨架跃迁 用户指南

1. 算法简介

本模块主要用于药物研发中的先导化合物优化阶段，主要功能包括：1）在已知的化合物分子结构上，产生新颖的化合物系列；2）替换复杂天然产物的局部结构，产生结构简化的新颖分子；3）通过改变分子的片段结构，进而改善分子的药代动力学性质。

通过输入已知的参考分子和想要改变的骨架或者结构片段，本模块可以实现在保证分子活性的同时，达到优化结构的目的。此外，针对现有药物，本模块也可以启发药物研发人员发现新的化学结构系列。

2. 使用流程

2.1 上传分子并获取 3D 结构

平台提供了两种输入方法，一种是输入SMILES表达式，另一种是上传有3D结构的SDF分子文件。

• 输入SMILES表达式

  复选框选中“输入SMILES”，通过文本框输入一个SMILES表达式，或点击文本框末端的“DRAW”图标，在弹出的编辑器中画出分子，点击“确认”后转换成SMILES显示在文本框中。

  点击“获取3D结构”按钮，平台将为这个分子生成10个较优的3D结构，展示在下方，从中挑选一个合适的3D结构作为该分子的参考结构后可点击“下一步”按钮进入下一步。

  

  

• 上传有3D分子结构的SDF文件

  复选框选中“上传有3D分子结构的SDF文件”，点击“文件上传”按钮上传一个SDF文件，该文件中的分子构象将会展示在下方，选中该构象后可点击“下一步”按钮进入下一步。

  上传的SDF文件中只能包含一个分子结构，并且必须是3D结构，且分子不支持被质子化。

  

2.2 输入分子骨架

输入想替换的骨架的SMILES表达式，或点击文本框末端的“DRAW”图标，在弹出的编辑器中画出骨架分子；

点击“显示骨架”按钮，平台将在上传的分子中匹配该骨架，并在下方展示匹配位置，选中其中一个匹配位置后可点击“提交”按钮提交任务，等待任务完成。

如果无法在上传分子中匹配到该骨架片段，会报错，请检查上传分子或骨架；如果匹配到多个位置，只能选择一个匹配位置进行替换。

2.3 提交任务

完成上述步骤后，点击“提交”按钮即可提交任务，显示“任务创建成功”表示提交成功。

任务成功结束后用户的注册邮箱会收到任务完成的通知。通常一个任务的计算时间需要数个小时。

为了合理的分配有限的资源，我们对用户的任务额度进行了一定的限制，鼠标悬停在“提交”或“下一步”按钮上可以看到限制情况与使用情况。在提交次数不足的情况下无法点击“提交”按钮或“下一步”按钮。

3. 查看结果

3.1 查询历史记录

在提交任务下方的“最近运行历史”中查看最近10条任务状态；也可以点击“所有历史”查看所有历史记录。

只有完成的任务可以进行“查看”操作。

只有完成/等待中/失败任务可以被删除，运行中的任务无法删除（无法中止任务释放计算资源）。

点击“运行状态”旁的下拉箭头，可以根据任务运行状态进行筛选。

3.2 查看结果详情

在历史记录上点击“查看”按钮可以查看任务结果。

任务详情界面展示了：

• 该任务参考分子和骨架匹配位置，以确认该任务的输入信息。

• 对生成分子进行属性筛选以及指定聚类标准的聚类分析。

• 结果分子卡片；卡片上展示了生成分子的预测Similarity Score。

  

• 点击分子卡片可以查看该分子的分子属性和ADMET属性（均为预测值）

  

3.3 下载任务结果

在查看任务界面点击“导出CSV”并勾选需要保留的属性，下载全部结果；

点击分子卡片查看分子详情后，点击“导出CSV”，仅下载该分子结果。