蛋白质模型质量评估用户指南

1. 算法简介

通过计算得到的蛋白质结构模型精度不稳定，模型质量评估（model quality assessment, MQA）有利于选择精度较高的模型作为输出结果。

本模块同时结合单模型(single-model)与多模型(multi-model)特征；再以我们预测的蛋白2D结构为辅助信息；同时参考模板残基对之间的距离；利用图神经网络预测模型中每个残基的质量分数。

通过文本框编辑输入氨基酸序列；合法性检查包括：

1) 只能以大写字母输入，不支持非标准氨基酸字符 (即：B,J,O,U,X,Z)。

2) 允许的氨基酸序列长度范围是30到800个残基。

3) 仅支持一次提交一个序列；序列“以 > 开头的行”将被识别为序列名并被忽略，该行后面的所有内容作为该序列的内容；若存在多个“以 > 开头的行”将被识别为多个序列，是不被支持的。

点击“文件上传”按钮上传一个或多个蛋白质模型文件（pdb格式文件）。

蛋白质模型文件中的残基序列必须符合2.1中氨基酸序列标准，并且是2.1步骤中上传的氨基酸序列的子序列。

可以选择在“任务名”输入框输入任务名。若不输入，则网站会将随机分配的UniqueID作为任务名。

在用户完成以上步骤后，点击“预测”按钮即可，显示“任务创建成功”表示提交成功。

任务成功结束后用户的注册邮箱会收到任务完成的通知。通常一个任务的计算时间在半个小时—数个小时不等。

为了合理的分配有限的资源，我们对用户的任务额度进行了一定的限制，鼠标悬停在“预测”按钮上可以看到限制情况与使用情况。在额度不足的情况下无法点击“预测”按钮提交任务。

在提交任务下方的“最近运行历史”中查看最近10条任务状态；也可以点击“所有历史”查看所有历史记录。

只有完成的任务可以进行“查看”操作。

只有完成/等待中/失败任务可以被删除，运行中的任务无法删除（无法中止任务释放计算资源）。

点击“运行状态”旁的下拉箭头，可以根据任务运行状态进行筛选。

在历史记录上点击“查看”按钮可以查看任务结果。

任务详情界面展示了：

氨基酸序列；鼠标选中可以显示对应残基的详情。
蛋白质结构模型文件名；在下拉框中选择文件名，在界面上显示对应文件的结果。
蛋白质结构模型的3D图像。
蛋白质结构模型的 "Global Score"（所有残基的平均分）和其中每个残基的预测分数。打分为零的残基代表该蛋白质文件中不含有此残基（影响Global Score）。