大环Linker生成 用户指南

1. 算法简介

大环化合物的linker生成由于在其对应的非环化合物上通过设计合理的linker，使得配体和靶点的结合构象更加固定，对于提高靶点的结合活性，选择性以及改善ADMET的性质上都有潜在的影响。

iDrug的大环linker算法可以根据用户在非环的分子上指定的连接位点进行linker的设计，帮助用户设计能够更好的固定配体和蛋白的结合构象的大环分子。

2. 使用流程

2.1 上传分子并获取 3D 结构

平台提供了两种输入方法，一种是输入SMILES表达式，另一种是上传有3D结构的SDF分子文件。

• 输入SMILES表达式

  复选框选中“输入SMILES”，通过文本框输入一个SMILES表达式，或点击文本框末端的“DRAW”图标，在弹出的编辑器中画出分子，点击“确认”后转换成SMILES显示在文本框中。

  点击“获取3D结构”按钮，平台将为这个分子生成10个较优的3D结构，展示在下方，从中挑选一个合适的3D结构作为该分子的参考结构后可点击“下一步”按钮进入下一步。

  

  

• 上传有3D分子结构的SDF文件

  复选框选中“上传有3D分子结构的SDF文件”，点击“文件上传”按钮上传一个SDF文件，该文件中的分子构象将会展示在下方，选中该构象后可点击“下一步”按钮进入下一步。

  上传的SDF文件中只能包含一个分子结构，并且必须是3D结构，且分子不支持被质子化。

  

2.2 选择连接位点

点击右侧分子图像，选择两个的H原子作为Linker连接位点，选择成功后会在左侧展示出效果图；

左侧图像中标记*号的位置即为生成Linker的连接位点。

2.3 设置Linker生成条件

可以选择生成Linker的长度范围（3-10之间）；

也可以选择是否允许Linker中包含子环。

2.4 提交任务

完成上述步骤后，点击“提交”按钮即可提交任务，显示“任务创建成功”表示提交成功。

任务成功结束后用户的注册邮箱会收到任务完成的通知。通常一个任务的计算时间需要数个小时。

为了合理的分配有限的资源，我们对用户的任务额度进行了一定的限制，鼠标悬停在“提交”或“下一步”按钮上可以看到限制情况与使用情况。在提交次数不足的情况下无法点击“提交”按钮或“下一步”按钮。

3. 查看结果

3.1 查询历史记录

在提交任务下方的“最近运行历史”中查看最近10条任务状态；也可以点击“所有历史”查看所有历史记录。

只有完成的任务可以进行“查看”操作。

只有完成/等待中/失败任务可以被删除，运行中的任务无法删除（无法中止任务释放计算资源）。

点击“运行状态”旁的下拉箭头，可以根据任务运行状态进行筛选。

3.2 查看结果详情

在历史记录上点击“查看”按钮可以查看任务结果。

任务详情界面展示了：

• 该任务分子中Linker连接位点，以确认该任务的输入信息。

• 对生成分子进行属性筛选。

• 结果分子卡片；卡片上展示了生成分子的预测Similarity Score。

• 点击分子卡片可以查看该分子的分子属性和ADMET属性（预测值）

  

3.3 下载任务结果

在查看任务界面点击“导出CSV”并勾选需要保留的属性，下载全部结果；

点击分子卡片查看分子详情后，点击“导出CSV”，仅下载该分子结果。