常见问题
声明：iDrug平台尊重用户的知识产权和隐私信息，同时我们会保护用户在平台上提交的数据信息安全。此外如果用户要求，我们也会删除用户提交的信息。
- iDrug的 ADMET 预测模块可否用于预测肽、蛋白质或其它大分子？
- 能向iDrug平台提交多少分子？
- 我是否应为输入的分子命名？
- 能否在分子编辑器中一次性绘制多个分子结构？
- 芳香族表示法或凯库勒表示法是否会得到不同的预测结果？
- 输入分子的中性形式是否更好？
- 输入分子时能否复制粘贴？
- 能否输入 SMARTS 字符串来进行 ADMET 预测？
- 计算 50 个分子需要多少时间？
- 计算出的分子描述量和理化性质是怎样的？
- 能否将输出面板导出为 PPT或图片格式？
- 平台分子活性预测模块的第 1 步和第 2 步有何区别？
- 平台分子活性预测模块支持多少种靶点的虚拟筛选？
- 平台分子活性预测模块包含多少种与安全相关靶点组和激酶选择靶点组相关的测定方法？
- 在执行虚拟筛选时能否选择多个化合物库？
- 平台分子活性预测模块里的化合物库是最新的吗？
- 在虚拟筛选模块里一次最多可以导出多少分子？
- 在分子生成模块里可以不传参考分子吗？
- 分子生成模块一次可以生成多少个分子？
- 分子生成模块怎么保证生成的分子具有潜在的活性？
- 分子生成模块里的2D和3D相似度有什么区别？
- 分子生成模块在提交参考化合物的时候可以上传多个分子吗？
- iDrug平台的分子生成和虚拟筛选是否支持对新靶点进行生成和筛选？
- iDrug平台的合成路径预测是基于什么数据库进行训练的模型？
- iDrug平台的合成路径预测工具可以预测复杂天然产物吗？
- 合成路径预测工具预测一个分子需要多久？
- 合成路径预测工具预测的终点是怎么确定的？
1. iDrug的 ADMET 预测模块可否用于预测肽、蛋白质或其它大分子？
如果该分子的结构可用 SMILES（简化分子线性输入规范）表示，那么就可以使用iDrug的 ADMET 预测模块进行预测。但是，所提出的大多数模型的适应领域都接近类药有机化合物，而这些有机物往往具有非常短的寡肽或较短的寡糖。对于差别很大的分子结构而言，这些预测方法所返回的信息很可能并不准确。iDrug的 ADMET 模块是针对药物发现和药物化学领域设计的。如果应用于其它领域，应当注意对数据的解读方式是否适当。
2. 能向iDrug平台提交多少分子？
对于 ADMET预测模块，您可以通过绘制分子结构输入一个分子，也可以通过 SMILES 输入一或两个分子。您也可以上传包含分子 SMILES 的文件，但每个列表不要超过 100 个条目。如果您的列表条目超过 100 个，您可以切分您的列表，然后多次计算。请不要同时启动多个计算。请在当前计算终止之后再启动下一批计算。您可以连续执行多次这样的批计算，但您提交的分子总数不应超过 1000。 对于分子活性预测模块，由于其需要较长的计算时间，因此目前平台仅支持一个账号每周最多提交 10 个筛选任务。如果您有大量虚拟筛选项目，请与我们联系商讨合作事宜。
3. 我是否应为输入的分子命名？
这没有硬性要求。但是您需要确保表格中有 smiles 或 SMILES 或 Smiles 标题。但是，为了便于分析输出，我们仍然建议您为分子命名，因为在输出面板中显示的标题以及图形输出中的注释说明就是分子名称。
4. 能否在分子编辑器中一次性绘制多个分子结构？
您不应在编辑器中绘制多个不相连的分子片段，因为它们会被视为一个单一结构，在 SMILES 列表中也仅被记入一行，其中各个不相连的片段用点号隔开。正确的输入列表应用逗号“,”隔开两个不同的分子。
5. 芳香族表示法或凯库勒表示法是否会得到不同的预测结果？
不会，不管是芳香族表示法还是凯库勒表示法，都可以输入平台而不影响输出值，因为其处理过程的第一步是分子结构的标准化，其中就包括脱芳构化（即凯库勒化）。
6. 输入分子的中性形式是否更好？
是的。平台在取用 SMILES 项时是直接使用用户给出的形式，并不会为每个模型对其进行中和处理。由于我们很多模型都是在中性形式的化合物上训练的，因此提交离子结构会导致预测结果出现严重的偏差，除非其本身就是永久离子或两性离子。
7. 输入分子时能否复制粘贴？
您可以在输入列表文本字段中轻松粘贴 SMILES。
8. 能否输入 SMARTS 字符串来进行 ADMET 预测？
平台目前仅支持 SMILES 字符串输入。
9. 在ADMET模块里预测100个分子需要多少时间？
用户在网页上获得输出结果的时间主要取决于我们包括的模型数目。我们上线的模型越多，需要的时间也越长。目前我们上线了50个模型（包括12个基本理化性质和38个ADMET性质）。通常，100个分子的计算时间需要3分钟左右
10. 计算出的分子描述量和理化性质是怎样的？
iDrug ADMET 预测器依靠开源的化学信息学软件 RDKit 2019.03.4 的定义来生成分子描述量，比如原子/键/基团数。
11. 能否将输出面板导出为 PPT或图片格式？
目前无法直接导出。但是因为该输出面板能很好地适配标准的计算机显示器，因此可通过截屏的形式获取输出面板的图像，再将图像粘贴于其他展示文档。平台默认的输出格式为 .csv。
12. iDrug分子活性预测模块的第 1 步和第 2 步有何区别？
在第 1 步中，您需要选择与目标靶点相关的测定方法。您可以将其视为“按靶点选择”。在第 2 步中，平台支持您检查与安全相关的测定方法，其中您可以检查分子的某些潜在的脱靶毒性。
13. iDrug分子活性预测模块支持多少种靶点的虚拟筛选？
平台的虚拟筛选功能目前支持 920 种靶点和 2224 种测定方法。
14. iDrug分子活性预测模块包含多少种与安全相关靶点组和激酶选择靶点组相关的测定方法？
平台在脱靶检查方面目前支持 34 种与安全相关的测定方法和 99 种与激酶选择相关的测定方法。
15. 在执行虚拟筛选时能否选择多个化合物库？
当然可以。平台支持您选择常见的商业库。并且为了缩短计算时间，我们已经做了预计算。但是，您选择的库越多，计算的时间就越长。请耐心等待！
16. 平台的化合物库是最新的吗？
是的，我们会定期更新化合物库，但更新频率可能不会很高。最近的更新时间为 2020 年 3 月 1 日。
17. 在虚拟筛选模块里一次最多可以导出和展示多少分子？
考虑到文件的大小和下载时间，我们建议你经过几个筛选条件后，最终选择的分子数在三十万分子以内。
18. 在分子生成模块里可以不传参考分子吗？
当然可以，您可以选择不上传参考分子，而是只选择您感兴趣的靶点。上传参考分子，只是用来进一步约束算法根据靶点信息而产生的分子结构。
19. 分子生成模块一次可以生成多少个分子？
考虑到算法生成分子的时间，我们目前会生成1000-2000个分子左右，具体数目还取决于用户选择的靶点和上传的参考分子。
20. 分子生成模块怎么保证生成的分子具有潜在的活性？
我们的算法通过不同靶点有不同的高斯分布，当生成新分子时，通过在对应靶点的高斯核采样获得。从而理论上在分子生成阶段可以保证新分子具有一定的靶点活性。不过我们还是建议在我们生成的新分子的基础上进行一个针对特定靶点的活性预测打分，作为进一步的筛选标准。
21. 分子生成模块里的2D和3D相似度有什么区别？
2D相似度是基于Morgen fingerprint计算的和参考分子的相似度；3D相似度是基于比较和参考分子的形状和体积计算的相似度，具体算法可以参考文献：J. Chem. Inf. Model. 2020, 60, 1983−1995
22. 分子生成模块在提交参考化合物的时候可以上传多个分子吗？
目前算法还不支持您上传多个参考分子，我们后面算法更新中会支持这一操作。
23. iDrug平台的分子生成和虚拟筛选是否支持对新靶点进行模型训练，从而进行生成和筛选？
我们目前还不支持用户自己上传训练数据进行模型训练，进而进行分子生成和虚拟筛选。预计在明年初会实现相关的功能。敬请期待。如果有用户现在有这个需求，可以联系我们合作开发.
24. iDrug平台的合成路径预测是基于什么数据库进行训练的模型？
目前算法基于美国专利数据库USPTO 180万经过整理后的48万数据进行训练的。
25. iDrug平台的合成路径预测工具可以预测复杂天然产物吗？
由于目前的beta版本的训练数据有限，而且主要数据都是来源于专利数据库，因此建议主要预测相对比较简单的药物分子，对于复杂天然产物预测结果可能不会令人满意。
26. 合成路径预测工具预测一个分子需要多久？
由于计算资源有限，目前预测一个分子大概需要3-4分钟。
27. 合成路径预测工具预测的终点是怎么确定的？
平台收集了商业原料和重要的合成building block，供给约2000万左右的分子集合用作确定反应终点。同时对于复杂的重要中间体，我们也支持进一步展开预测。